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問題ないです。
時間は環境にもよりますが、８時間ぐらいはかかると思うので寝る前とかに。（朝、終わっていないかもしれないけど。）
クイックフォーマットならすぐ終わるけれど、最初はなるべく普通のフォーマットの方が良いと思います。

（追記）
カテマスさんに文句付けるわけではないですが、tonehasiさんは「物理フォーマット」の意味を勘違いしているような気がします。
Windowsからできるのは、論理フォーマットだけです。

（補足について）
簡単に言うと、通常のフォーマットは、全領域でエラーが無いかをチェックしているから時間がかかり、
クイックフォーマットはそれが省略されるから速く済みます。
というわけでチェックしてくれて安心なのが通常フォーマットのメリット、速いのがクイックフォーマットのメリットです。
（デメリットは各その逆です。）
まぁ、はじめてなのでとりあえずチェックしておいた方がいいと思います。
（と言う私はいつもクイックフォーマットで済ませたりしますが。）