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データーをHDD内に置かないで外付けHDDへ移動すれば、その分の容量が空くのでPCの動作が軽くなるとする算術的な計算ではないです。幾分早くはなるでしょうが、体感的には感じることが出来ない程で、早くはならないとするのが適切でしょう。
HDDが経年劣化などで不良クラスターが多発していると、質問のような症状が出ることもありますが、一概にHDDが原因とは決められません。従って改善策は原因と思しいのを細かく潰して行くか、思い切ってリカバリーをするかです。

補足への回答
折角外付けHDDを購入したのでしょうから、ここは万一に事態にも対応できるようにHDDをクローン化して外付けHDDへバックアップをして下さい。それにはフリーもありますすが、フリーではクローンを作っても外付け全体がクローン化されるので、市販のAcronis Ture Imageを使って下さい。15日間と期間限定がありますが、先ずはこれで外付けHDDへクローンをバックアップし、15日が過ぎてどうしてもリストアしたい場合は、ソフトを購入すれば戻せます。このバックアップがあれば、リカバリーは恐れることはありませんで、必要なデーターをバックアップして、リカバリーをして下さい。万一不具合があれば、クローンのバックアップから何時でもクローン化した時点へ短時間で手間もかからず戻せます。
http://www.runexy.co.jp/products/acronis-trueimage-11/trial.html

追伸
自分では回答できるスキルがないので他人の回答に難癖を付け、これを回答と思っているのです。この種違反行為を止めないので、本来のIDは強制的に剥奪され今のBAを見れば納得できるでしょうが、自分からの回答は皆無で、他人を中傷したストーカー回答しか出来ない哀れな落伍者です。おまけにアルバイトまで断られる始末、それがku9yyftecの素顔です。