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レコードというのは33回転や45回転でアナログプレーヤーで再生するレコードのことでしょうか。
そのアナログプレーヤーを直接FR-N9FXにつないでMDに録音しようとしているということでよろしいですか?

それであれば、まともに音は入りません。
といいますのはアナログレコードの再生にはイコライザーアンプというレコード専用のアンプが必要です。(CD再生でいうとDACにあたるようなものです)これがN9FXにはついていないはずだからです。 イコライザーアンプとは何かについては下記を参照にしてください(Wikipediaのレコードプレーヤーについて)
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AC%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%83%A4%E3%83%BC#.E3.82.A4.E3.82.B3.E3.83.A9.E3.82.A4.E3.82.B6.E3.83.BC.E3.82.A2.E3.83.B3.E3.83.97

イコライザーアンプを通さないで再生すると音はでますが特に高・低音はまともに再生されませんし、ノイズもひどいものになります。もし、イコライザーを搭載したアンプ(または専用のイコライザーアンプ)につないでからFR-N9FXにつないでいるなら何らかの不具合かもしれません。
イコライザーアンプを搭載しない(アナログレコードの再生ができない)アンプが最近多くなっていますので注意が必要です。
ただし、お使いのアナログプレーヤーにイコランザーアンプを搭載している場合やイコライザーアンプを使っていておかしいのなら別の原因があると思います。