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単コア性能でCorei3/i5はCore2Duoに勝っているのは事実ですが、ソフトウェアのほうが、マルチコア/マルチスレッドに対応していないと残念ながらかけた値段ほどの性能向上は見込めません。

エンコード中に、CPU使用率が100%に近いほどCPUの能力をフルに使っていることになります。マルチコアに対応していないエンコードソフトの場合は、最大でもCPU使用率が50%前後、つまりフルに使えていないという場合が多いかと思います。
ほかの作業をするならこれでもいいと思いますが、エンコードマシンとして考えた場合は動いていないコア/スレッドの分だけ無駄、ということになります。

また、フィルタをかけたエンコードの場合、TMPEG Enc 4.0 Xpress
http://tmpgenc.pegasys-inc.com/ja/product/te4xp.html

のようにCUDA対応のものの場合は作業が驚くほど速くなります。
その場合、コア数の少ない(48個)GT220では大して役に立ちませんので、できればGeForceGTS250（128コア）以上にすることをお勧めします。

逆にCUDA非対応のソフトを使うなら、GT220も要らないでしょう。HDMI出力だけが必要ならGeForce210とか、RADEON HD 4350でも十分です。

現行の、GeForce200以降、RADEON HD4000以降はほとんどのグラフィックスボードがHDMIがもとからあるか、DVIを変換して出力できるので心配することはありません。

メモリは、PCを買って、実際にエンコードをしてみてメモリ使用量が4GBを超えることを確認してからでも遅くはないでしょう。使わない分のメモリ容量はないのと一緒ですので。

/* 補足以降 */
GeForce200シリーズの場合は音をSPDIFという別な系統から出力します。
というか、そのPCの販売サイトに出力系統が載っていると思います。
むしろ、そのような重要事項が載っていないようなショップからは買わないほうがいいかもしれませんよ。
もし、ビデオカードのメーカーや型番が書いてあるなら、同じものを価格.com辺りで調べれば出力系統の詳細がわかるかと思います。

で、動画再生時ですが、フルHD（1920*1080）以上の解像度で、BDなどを再生する場合はNVIDIAならPureVideo、AMDならAvivoという動画再生支援機構が働いて、CPUの負担を減らしてくれる・・・というのがありますが、ソフトウェアのほうが対応していないとこの機能は使えません。

WinDVDとか、PowerDVDなど、市販の大手メーカーの製品であれば、ほとんどが動画再生支援機構を使用できます。

DVDの時はPureVideo等はONにしないほうがいいですけどね。
画面の端っこや字幕の色がおかしくなる場合がありますので。

飽く迄HD画質の再生の時のみ使います。