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トヨタ方式とホンダ方式は駆動の考え方が違います。
トヨタは発進時の燃料の駆動効率の悪い（低回転でトルクが出ない部分）時にモーターを使い発信させます。
高速走行に入り回転数が上がるとトルク曲線も上げって駆動効率が良くなるのでこの時にはモーター自体の威力は無いです。
つまりストップ＆ゴーの多い市街地に燃費良く働き、高速走行では逆に燃費が落ちます。（働かないモーター荷重があるから）

ホンダはトヨタに上記駆動方式の特許を取られた為に同じモーターの使い方が出来ません。
なので電動補助自転車のようにエンジン性能を常時電気モーターを用いてサポートする方式を取っています。
よって、市街地ではトヨタには負けるが高速走行では逆にホンダ式の方が燃費がいいようです。

排ガスに関してはエンジンを完全に止めたりするようなトヨタ式の方がCO2発生は少ないと思います。