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走行中ということですが，停車中は音がしないのでしょうか？ウォーターポンプだとすると，エンジンの回転数に従います．アイドリングとか走行中とかあまり関係ありません．エンジンがかかっている間ずっとなっているなら，ウォーターポンプだけとは限らないですが可能性を考えてもよいと思いますが，ウォーターポンプからの水漏れとガラガラ音をの破損を直結はできないと思います．ウォーターポンプのベアリングに冷却水がかかってベアリングがだめになってたら別ですが，少しもれても大丈夫なようにベアリングの手前に逃がし穴があけられています．その穴を見て漏れを確認しますので．
エンジン負荷に従い音が大きくなるとか，関係ないとか，もう少しがらがらという音の出方と条件について確認してみたらよいかと思います．手っ取り早いのは，今回の異音について車屋さんに相談するのが手っ取り早いです．
ちなみにウォーターポンプについて，水漏れなどで交換が必要かいなかを見極めるのに，エンジンを切って止まり際にクーっという小さな音がすることがあります．独特の音なんですが，そういった音がするかも判断基準にしてみたらどうでしょうか？ちなみに大きな音ではなく，ラジオを消して，エンジンを止めてみて確認してみてください．

補足に対して
エンジンブレがかかっているときに気になるということに対してコメントします．
マフラーなどの遮熱板のビビリ音の可能性もありますよ．ウォーターポンプはエンブレとか関係ないですから．ビビリ音と仮定すると，共振によって起こります．ビビリがないエンブレのときに，ガラガラ音がより大きい回転域がある名とか感じるなら，そうかもしれません．

ただ，情報上確定診断しづらいので，見てもらったらよいと思いますよ．もし不具合を特定してもらえて，何を変えないといけないかといわれた時に，それが，走行上問題があるかかないか，また知識のある人に聞いて直すか検討したらよいと思います．
ただ，アクセルを踏んでいるときに気づかないかないということなので，エンジン内部の致命的な損傷の可能性は低い気がしますよ．
ウォーターポンプであれば，回転数に依存するが大きな異音につながるとは考えにくい．また，エンジンの致命傷とすると，やばい名と思うような音になります．どちらかというとエンブレよりアクセル開度が大きい，負荷走行に近いほど音が大きくなることが多いと思うので，アクセルを踏んでいるとき気にならないとのことなので，それほどシビアには考えなくても良い気がします．ただ，異音がずっと続くのは原因が分かっていても精神的に気になるという面もあると思うので，直接見てもらって判断されたら宵のかなと思います．
最後に，私が直感的に思ったのは，前述のビビリ音かなと思いました．そう仮定すると使用上の直接的な影響は内容に思います．