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電気的には外した方が良いでしょう。
万が一、プラスの電極がどこかに接触すると電気回路の短絡が発生し、ヒューズが飛ぶ可能性があるので。
まぁかなり大げさに書くと、最悪パターンとして車両火災となる可能性があります。

まぁ建前は上記の通りですが、私はバッテリーの端子はそのままで作業しましたよ。
自分の車のオーディオを交換した際、追加メーターを装着し電源を追加した際、
友人の車のオーディオも交換を行った際もバッテリーの端子は繋いだままです。

プラス電極はしっかりとカバーしてあるのでボディと接触する可能性はなかったのでそのまま作業しました。
むろん、配線の端子部の扱いには注意しましたけどね。
それでもバッテリーの端子は外さずに交換できています。

なので、外さなくても大丈夫・・・とは言い切れませんけど、絶対に外さなくてもできる、と書いておきます。
ただし外さない場合は、電源線の扱いは十分に注意してくださいね。

基本ははずしますが外さなくても良いかと思います
察するにオーディオと別にナビがついているんですよね？
それであればオーディオ側ハーネスと車両側のハーネスを繋ぎ終わってからカプラー(コネクター)を接続すれば善いのでは？
この方法ならショートのしようがありません
まぁ、長いこと車業界に居ますがバッテリー外したからオーディオやナビが壊れたなんて話は聞いたことはありませんがね…