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・ラインナップを増やしたい
・開発コストを減らしたい
・既存の車種の間を埋める車種がほしい
・売れているモデルなら台数が稼げる
といった理由が挙げられると思います。

例えばパッソ・ブーンは、デュエット・ストーリアの後継車なのですが、その前はカローラⅡ・コルサ・ターセルという車がありました。この３台は全てトヨタで売っていたのですが、ダイハツが小型車が得意なこともあり、技術的に援助することで、より売れるモデルを作ることができるとトヨタは考えたのだと思います。ちなみにカローラⅡら３台はサイズ的には今のパッソ・ブーンと同じくらいで、トヨタのエントリーモデルとして、女性客を集めていました。
また、ダイハツとしては大きなエンジン(パッソでいうなら1.3L)やデザイン面などでトヨタから協力を得ています。ダイハツは普通車はあまりメジャーなモデルがないので、トヨタのブランド力を利用(？)して同じ車だということで販売を伸ばしたいという思惑もあります。

ラクティス・トレジアに関しては、スバルとしてはトヨタとの提携の第一弾として広告塔としたいというのと、デックス(ｂB・クーのOEM)とインプレッサの間を埋める車種として一台欲しかったということがあります。
トヨタ的には、スポーティな車の多いスバルが開発に加わることで、ラクティスのスポーティなキャラクターをさらに強調できるということが思惑のひとつだと思います。

また、全てのOEM車に言えることですが、開発コストなど、共同開発なら負担は少なくなりますし、そのままOEM供給してもらうことになれば、開発コストはほとんどかからないということにもなります。
日産はモコをスズキからそっくりそのままもらっていますが、顔を少し変えたことで、現在では本家であるMRワゴンより販売台数が多くなっています。開発費などコストをほとんどかけず稼ぎ頭となっているということで日産としてはおいしいところです。OEMにはこういった魅力もあります。