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フォーマットしたと言っても論理フォーマットでしょう。
物理フォーマットの上に論理フォーマットが成り立っている仕組みを簡単に説明すれば、下記の様になります。

まず、HDDが作られた状態では真っさらです。
そこに物理フォーマットをかけると1～100の部屋（セクター）が出来るとします。
そこに論理フォーマットをかけると、1がMBR、2～40がCドライブ(NTFS)、41～100までがDドライブ(NTFS)と決まる訳です。

今回の症状は、引き続き簡単な説明を例に取ってたとえると、Dドライブに割り当てられた41～100までの部分の58番目のセクターが潰れていると言った症状だと思われるのです。
（実際は1～100と言った少ない数ではありません、数億と言った単位です）

この症状の場合、HDDは物理フォーマットをし直して99の領域しか書き込めなくなったHDDをもう一度100の部屋に戻す事で、何事も無かったかの如く治る場合が有ります。
500GBとか1TBの容量があるHDDの場合は時間が掛かりますので、バックアップしてから物理フォーマットをかけ、OSインストールディスクで論理フォーマットを行ってからリカバリーしてバックアップを戻すとなると、半日作業でしょう。

企業から故障HDDとして廃棄されるHDDで、認識は出来るけどOSインストール等の書き込み・読み出しにエラーが出ているモノに限ってテストした事が有りますが、7割くらいが問題無いHDDとして復活しました。
不良セクターが合計20MBくらいある故障品と判断されたHDDも、物理フォーマットで綺麗になってしまう事も有ります。

また、電源供給が不安定な環境で使われているHDDに、この症状が多い様です。
無停電電源装置を装備しないで商業施設等で使われているOA機器は、朝の開店前で各テナントが一気にエアコンやOA機器の電源ONした時の一時的な電圧不足で、この症状で故障したりします。
家庭では、同じ電源ラインから800Wとかの掃除機を使ったりすれば、同じ事を再現できるでしょう。
私の知人で、整備工場内の仕事用パソコンを、業務用コンプレッサーと同じラインから電源を取っていて、新品でも1年で3回HDDを壊した人がいました。

メーカーが、保証期間内でもHDDは消耗品扱いとして、場合によってはユーザー責任で有償修理になる事があるのも、この様な劣悪な環境下での使用があるからでは無いでしょうか。
今回は幸いにもデータ領域にそれが起こったので大事は無さそうですが、システム領域や運悪くMBRに起こった場合は起動しなくなりますし、一気にブルーになるでしょう。
知恵袋でも、真っ青になった方からの焦った質問が、毎日の様に繰り返されてます。