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1.他の回答にあるように、必要なデータのバックアップを取ってから、パーティション管理ソフトを使えば可能です。
但し、バックアップを取ってしまえば、OSのリカバリやクリーンインストールの過程で、パーティションを設定出来るので、実は、ソフトを使う意味は、余り、有りません。
と言うか、下手をすると、HDDが使用不能になってしまう(*)事もあるので、個人的には、パーティション管理ソフトなど使わず、OSの機能だけでやることを、お勧めします。

2.CドライブとDドライブに分けることに意味があるかどうかは、使い方次第です。
たまに、「物理的に同じドライブなので、意味がない」と言う人が居ますが、それは、その人の目的では意味がないだけであって、別の目的では、十分、意味があります。
「物理的云々」って人は、「HDDが同じなのだから、クラッシュすれば、もろともなので意味がない」って事を言いたいわけです。
それはそれで、正しいことです。

しかし、複数パーティションに分けることを進めている人(まぁ、僕も含みますがｗ)は、
Cドライブには、極力、OS以外の物を入れないようにすることで、クリーンインストールやリカバリ時の手間を省く
と言うことを、主眼に置いています。
重要なデータのバックアップは、当然、日々、必要です。
それをしていれば、こんな事は、しなくても良いと思われるかもしれませんが、バックアップデータのリストアだけでも、それなりの時間が掛かります。

しかし、マイドキュメントのターゲットフォルダをDドライブに映していれば、リカバリに際して、わざわざ、バックアップする必要もなければ、リストアする時間も省けます。
また、アプリの場合も、
インストールプロセスは、デスクトップショートカットと、アンインストールインフォメーション、スタートメニューへの登録だけの為にしている
ってソフトが、沢山あります(アンインストールインフォメーションに登録すらしないソフトもあります)。
そういうソフトだと、リカバリ直後、実行ファイルをダブルクリックするだけで、ソフトが普通に起動します。

もちろん、全てのソフトが、そうではなく、特に、商用ソフトの多くは、レジストリに情報を書き込んで、初めて、使えるようになります。
しかし、喩え一部のソフトであっても、再インストールする手間が省ければ、それだけ、時間が節約出来ます。

また、インストーラ付きのソフトで、最初から、
c:Program Files
以下が指定されているのは、そこでなければ、正常に動作しないからではありません。
「Cドライブなら、殆どのPCに存在するから」
ってのが理由です。
MS Officeでも、管理者権限でインストールすれば、インストール先を変更出来ます。

稀に、Google Chromeのように、インストール先を指定出来ないソフトがありますが、そういうソフト以外は、Cドライブ以外にインストールしても、何の問題もありません。
//インストール先が、外付けドライブ、ってのは、話が別です。

なので、
「Dドライブには追加で入れたプログラムなどは入れるべきでない。と言う記載」を、どこで見かけられたのか知りませんが、大嘘です。
その証拠に、10年以上、Cドライブと、それ以外のドライブに分けてPCを使っている人間が居ますが、それに起因するトラブルなんて、一度も発生していませんし、その人間(僕ですが)以外からも、そんな話は、一度として、聞いたことがありません。

前に、似たような相談に、
「Dドライブにインストールすると、システムフォルダをプログラムが参照出来なくなるので正常に動作しなくなる」
なんて書き込みをして人が居たんですが、もう、そこまで行くと、妄想ですｗ
システムフォルダにあるDLLなどを参照する際に、
C:WindowsSystem32
なんて指定の仕方をするプログラマが居るなら、見てみたい。
そんなことがあったのなら、そのソフトを教えて欲しいと、思ったものです。

もう一度書きます
Cドライブに何を入れて、Dドライブに何を入れるかは、使う側の自由です。
それに起因するトラブルなんて、有りません。
デメリットがあるとすれば、デフラグを二回に分けないと駄目なことぐらいです。

個人的には、Cドライブには、OS以外、極力入れないようにして、それ以外のアプリケーションや自作のファイルは、D以降のドライブを使うのが、お勧めです。