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auのiphoneがよくない、というのが具体的にはどのことをさすのかは不明ですが、ソフトバンクiphoneと比べて使える機能が少ない（Facetimeやデータ通信しながら通話できない）というのがあります。
個人的には、ほとんど利用しないので差はあまりないと思います。
Andoroidとの比較では、メールを即時受信させるのにも少しテクニックが必要で、他者の絵文字が化ける場合がある、などがあげられます。
また、Andoroidは賢い漢字変換ソフトを自由に入れられたり、他のアプリとの連携がしやすいというメリットもあります。

iphoneが優位なのは、操作性です。
スクロールのなめらかさやタッチの反応性でかなうAndoroid機種はないと思います。
また、アプリの数もAndoroidより豊富で質も高いと思います。

ipod touchのアプリを使い続けたかったり、ipodの操作に慣れているのであればiphoneをオススメします。
メールの送受信に重きを置くならAndoroidをオススメします。