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こんにちは
①itunesでバックアップする場合、iphoneにあるデータをPCにバックアップします。
「フォルダだけをPCに保存します、データをチェックするできません。例：写真を一枚つずでご覧になれません」
しかし、iTunesのバックアップデータから復元するとき、そのデータを利用して、iPhoneのデータを復元できます。
PCを利用する、

iCloudを利用する場合、 自分好きなデータからAppleのネッドの場所へ保存します。「30日だけを保存できます」
PCを利用しない。

MobileGo for iOSを利用する場合、iphoneのデータをPCにバックアップすることができます。
一部のデータをバックアップできます。また、PCでデータをチェックすることができます。
http://www.wondershare.jp/mobile-phone/ios-date-backap.html

①
両方で出来ます。

②
自動的にというだけで、PC（iTunes）でバックアップは普通に出来ますから気にしなくてOK。

③
バックアップ対象
http://support.apple.com/kb/HT4946?viewlocale=ja_JP
こちらに対象となっているものは、iTunesバックアップで保存されます。
間違いやすいものとしてAPPは内容データであり、本体データはバックアップされません。
PCへ購入した項目の転送を行いましょう。

④
両方にバックアップ！
バックアップデータは複数あればあるほど安心です。
PCだって永久的に使えるわけじゃないので、突如故障すればバックアップを取り戻せなくなる・・・。

自分はIcloudのバックアップは自動バックアップするようにしています。
無料5GBまでなので、全ては無理だから重要なデータ・アプリのみに厳選しています。
IcloudはPCバックアップが破損した時の保険として使っています。
基本はiTunesでのバックアップで、月に１～2回程度ですかね。
その他、連絡先などはiTunesやIcloud以外の方法でもバックアップを作っています。

①はい、どちらかに行うことができます。定常的（自動的）にはどちらかを選択してそちらにすることになりますが、時々切り替えてもう一方にもバックアップを取っておくことは、安全のためには良いことだと思われます。たとえばパソコンの方は全てのデータをバックアップできますし、取ったバックアップを覗いたり、加工したりすることができて便利ですが、地震や火事でPCがダメになればバックアップを取っていても何の役にも立ちませんが、iCloudならあなたの家がどうなっても安全です。しかし、iCloiudのバックアップは中を覗いたり、あるアプリのデータだけを抜き出してどうこうするとか言う加工は不可能です。ですので、どちらかを基本に、時々もう一方にもバックアップを取るのが安全です。

②定常的にバックアップを取るのはどちらかだけですので、通常はPCにバックアップしているときに、iCloudにバックアップを取ろうとすれば、今後はPC側にはバックアップは自動で取られなくなりますので、それを理解していますかという事の確認メッセージです。

③そのアプリがアップルの規則を守った場所にセーブデータを置いているなら、全てバックアップの中に含まれます。

④私はセーブデータを覗いたり、加工をしたいので、PCに取るのが基本で、時々iCloudに切り替えて手動でバックアップをしています。iCloudバックアップは3ヶ月放置すると削除されるはずですので、最低月に一回は上書きバックアップをしています。