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50mmマクロだと出ないということは被写界深度に関係があると思います。
単純に105mmと50mmの違いは写したときの背景のボケ方が違う。
これは50mmのほうが被写界深度が深いからです。

被写界深度を任意で深くするには絞り優先にしてF4.0以上で試して下さい。
それでもモアレが出てしまったら更にF数を上げる。F数を上げるとシャッター
速度も遅くなりますので三脚を持っていったほうが無難でしょう。

コントラストが深く原色に近い色の花は特にモアレ対策が必要かと思います。
もう一つ注意しておきたいのはソニーのカメラにはDレンジオプティマイザー
という機能があります。これはダイナミックレンジで暗い部分だけを明るくする
機能ですがマクロ撮影の時、背景と被写体の微かな光の差でも極端になるの
で、Dレンジオプティマイザーを強くすると暗い部分にノイズが発生します。
こういう時は全体を明るくして対処します。容認範囲でISOを1段上げます。

モアレに関しては初歩的な問題なので被写界深度（F値）を大きくすることで
低減できますよ。

作品を見ていないので断言は出来ませんが、モアレではないと思います。
モアレは細かい縞模様の被写体を撮影した時に、あるはずのない模様が現れる現象です。

今シーズンも寒椿を含む椿を６０～２００ｍｍマクロレンズで約２，０００枚撮りましたが、ローパスフィルターの無いカメラでもモアレはありません。（開放のＦ2.8とＦ4、Ｆ5.6）

寒椿の赤色は色飽和を起こしやすく、輝度差が大きな被写体は［偽色］が発生しやすくなります。
又、葉の反射が強く収差や白飛びも起こしやすい被写体です。

特にＪＰＥＧでは256階調ゆえに白飛びや色飽和しやすく、ピクチャーの設定で風景やビビットも同様です。
ＲＡＷでダイナミック拡張機能［Ｄレンジオプティマイザー］を使い露出補正もします。ピクチャーもスタンダードに設定、反射の強い場合はＣ－ＰＬを使ったりします。

近くに植物園等があれば、赤や黄色の花で試されたらいいと思います。

モアレ＝干渉縞ですよね。人工物で出ることはありますが、造花じゃなくて自然の花ででるんでしょうか？さらにピントの浅いレンズのときに目立つというのもいまひとつ理解できません。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A2%E3%82%A2%E3%83%AC

モニター上だけの問題ではありませんか？パソコンのモニターで確認はされましたか？

＞105mmでワーキングディスタンスの距離がMFの10cm未満で撮影すると…

撮影出来ないでしょう。MFでピンぼけのまま撮っているんですか？

105mmはワーキングディスタンス10cmだとピントが合わないはずです。50mmで10cmだとギリギリでしょうか…。にもかかわらずワーキングディスタンスが10cm未満…？ わざとピントの合っていない写真を撮っているんですか？

他の質問も見ましたが、もっとサイズの大きな画像が見れるように出来ませんか？ ここに貼れる画像の大きさ程度では何もわかりません。

カメラ小僧の典型的な回答には無視しましょう。

モアレの発生はグランデーションでも発生します。
マクロでも似た環境はありますよ。

初期のデジタルカメラに貼り付けられているフィルターの
配列は年々高画素化のために予期せぬところで発生します。

テレビやパソコンのモニターを写したときに出るモアレもあれば
グランデーションで出るモアレもあります。

焦点距離を変えるなどして対処するしかありません。

105mmで10cmの焦点距離での撮影はMFなら可能でした。
添付した画像を確認して下さい。
三脚を固定しMFで10cmの距離を開けて撮影しております。
レンズも同じSIGMA 105mm F2.8 MACRO EX DGです。
もう少し寄れそうでしたよ。


＝補足＝

下【g555g333g999さん】へ

添付した画像では確認できないと注されるのは嫌なので拡大しておきます
http://www.geocities.jp/vanquish_clover/001.jpg

あえて10cmのワーキングディスタンスとしておきます（実際は10cm以下です）