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バックアップを取るのに使ったアプリをマーケットから再インストールしてください。そのアプリの機能で元に戻せるでしょう。

設定のアプリケーションの管理からSDに移すを選んだだけでは、バックアップは取れていません。バイオハザード以外のプリインストールアプリはSoftbankのサイトから再インストール可能です。必要に応じて落としてください。

ファイルの整理には「DiskUsage」というアプリを使ってください。消したアプリの名前の付いたフォルダはごっそり消して良いでしょう。



設定にある「SDカードに移す」というのは、そのアプリが使用する画像や効果音などのデータを本体からSDに移動してそこから読み出して使うようにするだけで、アプリの実体は本体に残ったままです。バックアップとは違います。その状態で本体をオールリセットすれば、使われないデータがSDに残るだけです。

DiskUsageでは、より上層のフォルダは左に配置され、その中に入っているファイルやフォルダを表すマスが右の方に並んでいます。
フォルダまたはファイルを長押しして削除を選ぶと消せます。その場合、そのフォルダの中身も当然一緒に消されます。
どのファイルを消せば良いかは名前を読むしかありませんが、SDの空きが十分ある内は、不安なら何も消さなくてもいいと思います。
小さいファイルをチマチマ消しても全体的にはそれほど意味はないかも知れませんし、どのファイルがどれくらいの大きさを占めているのかはDiskUsageで一目瞭然でしょう。