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前提として、USBメモリーを抜くときにきちんと取り外しの手順(※1)を行ってますでしょうか？
アクセス中に取り外したり、手順を無視してませんか？
もしやっていないようでしたらファイルが壊れることもあります。
(修復によって消えることも。)

以下、自己責任で。
1. 修復しますか、のメッセージをキャンセルで抜ける。
2. (パソコンなどへ)ファイルを退避。
3. (エクスプローラー/USBメモリーの)ドライブを右クリックしてプロパティ。
4. ツールタブの【エラーチェック】を実行。
5. ファイルシステムエラーを。。。と不良セクターをスキャン。。。にチェック。実行。
6. 完了後、ファイルを戻す。

これで修復してくれると思います。
後は上述の通り、取り外しの手順を守って取り外してください。
また、本当に壊れている可能性もありますので、ファイルは定期的にバックアップを取ってください。


※1
ご存知とは思いますが、念のため。

取り外しの手順(@Windows7)
通知領域にあるアイコン(添付画像参照ください。)を右クリック。
(カーソルを乗せると、「ハードウェアを安全に取り外してメディアを取り出す」と表示されます)
対象のUSBメモリーをクリック。
「ハードウェアの取り外し
XXXXはコンピューターから安全に取り外す事ができます。」
とメッセージが出たら取り外す。

以上、ご参考まで。


↓通知領域のアイコン↓