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見た目はまったく別ものに見えますが、HVR-HD1000Jの中身はHDR-HC9と同じです。
http://www.sony.jp/handycam/products/HDR-HC9/index.html
http://www.sony.jp/products/Professional/c_c/hdv/products/hvr_hd1000j/spec.html

「主な仕様」というところを見てCMOSセンサーのサイズや画素数、レンズの倍率などを見比べてください。

フォーカスリングが装備されてたりするのでマニュアル操作して撮影する場合はHD1000Jのほうがなにかと都合がいいですが、画質関係は同じです。カメラまかせのフルオートで撮影した場合、カメラボディの大きさの違いだけということになります。
ただし、標準で装備されてるマイク（見た目は立派そうにみえますが）はそれほど性能の良くないモノラルマイクであることが普通なので、ステレオマイク装備のHC9のほうがマシな音が録れるかもしれません。良い音で撮るにはステレオであってもモノラルであっても別売の性能の良いマイクを購入したほうがいいです。
DVテープに記録する方式なのでi-Linkでデータをやり取りしますからパソコンとの接続にはi-Link（DV端子）を使います。
パソコン側にi-Link端子が必要で接続のためのi-Linkケーブル（DVケーブル）が必要です。もちろん取り込みや編集のためのソフトも必要です。

HDR-HC9と同じだからといって画質云々がたいしたことないとかそういう話ではありません。充分すぎる高画質だと私は思います。
しかし、すでに3年ほど前の機種なのでその間の進歩した技術が投入されている最新機種とくらべると見劣りする部分もあります。
低照度下（比較的暗い場面）でのノイズの出方や特にアクティブモードという手ぶれ補正がでる前の機種なので、アクティブモードを搭載した機種と比べると手ぶれ補正の能力に雲泥の差があります。たとえ肩のせであってもその違いはでると思います。三脚で使うというなら話は別です

ちなみにアクティブモード手ぶれ補正を搭載したこちらの2機種は同じ性能（中身が同じ）のものです。
HVR-HD1000JとHDR-HC9が同じであるのと似た関係にあります。両機種とも2010年モデルです。
http://www.sony.jp/pro/products/HXR-MC2000J/index.html
http://www.sony.jp/handycam/lineup/avchd.html

※補足について。
HVR-HD1000Jはテープに記録、HXR-MC2000Jはメモリーに記録。テープ記録の機器を指名する方はその再生機能を必要としている方が多いのでHD1000Jに目をつけたのはそのためだと思っていました。しかし、補足を見る限りテープ式にこだわりはないようですので、発売に2年の開きがあり、その間の新技術が投入されているHXR-MC2000Jを購入したほうが良いと私は思います。メモリー記録ですからUSBでデータ転送できますし。ただし、テープ式に採用されているHDV方式とメモリーのAVCHD方式は記録形式が異なり、もし編集をするのならAVCHD方式の方がより高度なパソコンの能力を必要とします。
ついでですが、肩乗せにこだわるなら話は別ですが、もしそうでないのなら見た目は小型ですがこちらの方がカメラとしての性能は上です。
http://www.sony.jp/pro/products/HXR-MC50J/index.html
さらには、上記のカメラより新型の2011年モデルがでてますのでこれらの方がさらに良くなっている部分があったりします。
http://www.sony.jp/handycam/products/HDR-CX700V/
http://www.sony.jp/handycam/products/HDR-CX560V/
この2機種はカメラとしての性能はまったく同じでファインダーの有る無しと内蔵メモリーの容量が違うだけです。

カメラの性能は基本的にはかなりのところまで来ていると思いますのでMC2000Jのようなスタイルのカメラを必要とするならばそれでよろしいかと思います。なにより大きいというだけでハッタリカマシが効くということも多々ありますからね。逆に用途によってはその大きさが不自由に感じる場合もあります。

こんなところでしょうか。
失礼しました。