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まず、質問の中の「乗用車」と「自動車」の違いで言うと...
「普通自動車」というのは免許証などで使われる言葉で、大きなくくりで普通なのか大型なのかのような違いがあります。
「普通乗用車」は、「普通自動車」のくくりの中で「乗用」か「貨物」か、あるいは「特殊」などいろいろある中で「乗用」ということですね。

あとはボディの大きさやエンジンの排気量によって、軽自動車か小型自動車か普通自動車かなどなどに分かれます。

軽自動車：全長 3,400mm×全幅 1,480mm×全高 2,000mm以下／660cc以下（黄色ナンバー）
小型自動車：全長 4,700mm×全幅 1,700mm×全高 2,000mm以下／2,000cc以下（5ナンバー）
普通自動車：軽自動車、小型自動車以外の自動車（3ナンバー）

これらは特殊用途社を含めないでのデータです。

これを見てわかるとおり、○○以下と書いてありますので単純に容積が大きければ普通とか、容積が小さければ小型とかいうものではありません。実際にクラウンとアルファードなどを比べましょうか。実はこの2台は全長と全幅はほぼ同じなんですよ。全高だけが大きく違います。ですから、アルファードよりクラウンの方が小さいとも言い切れません。駐車場などの専有面積は同じなわけですから。ただし容積は明らかに違います。

これがクラウンとノアだとすると、ノアの方が全長と全幅はだいぶ小さいわけです。それでもノアの方がはるかに全高が高く、容積は大きいですからクラウンよりも大きいと思ってしまうかもしれませんが、駐車場などの専有面積はずっと小さいです。ノアの全長、全幅、全高、排気量からすると小型自動車になるわけで、違和感があるかもしれませんが、それが分類ですので仕方がありません。

ちなみにこれらの分類は、正確には道路運送車両法上のものや道路交通法の運転免許制度によって呼び名や分類が若干異なります。