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答えにならなくて申し訳ございません、多分スプリングも違うでしょう、生産はダイハツ工業の京都工場でしてるそうですが、共通なところが多すぎますね、違いを調べてみたら以下のようになります。

カローラバン・ワゴン、スプリンターバン・ワゴンの後継車種として、トヨタカローラ店とネッツトヨタ店で、販売しているコンパクトクラスのプロボックス。
カルディナバンの後継車種として、トヨタ店とトヨペット店で販売するミディアムクラスのサクシード。

サクシードのリヤゲートは少し膨らんでるように見えます。
サクシードの荷室長が20mm大きい。
荷室容量はプロボックスが2.40立米、サクシードが2.43立米。
1.3l車の設定の有無や価格も違いますね。