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まず１．０と１．３の違いですが質問時に書かれている以外だとエンジンの大きさです。
１．０は３気筒です。（エンジンが２回転する間に３回に分けてエンジン内で爆発がおきています）
１．３は４気筒です。（エンジンが２回転する間に４回に分けてエンジン内で爆発がおきています）
３気筒に比べて４気筒だと小刻みにエンジン内で爆発が起きています。
よって発進時や加速時に３気筒エンジンの方が振動が大きくなります。

１．０はパワーが無いと言われますが一部のハイパワーのターボ車の軽自動車を除けば発進・加速で軽より劣るという事はありません。
また走行の安定も軽自動車とは比べ物になりません。

パワーも振動も感じ方は個人で差があると思いますのでどちらも乗ってみるのが一番だと思いますが
担当の方によっては試乗車で無くても中古車であれば乗せてくれる事もあります。
（ただ事故にはお気をつけて）

購入後の維持費は自動車税が１０００だと２９５００円１．３だと３４５００円
任意保険も変わってきますがそちらは保険会社によってまちまちだと思います。
車検時の費用は同じだと思います。

ちなみに次回の買い替え時には査定額は１．０と１．３ではさほど変わらないと思います。
１．３は高く買ったからといって下取りで有利とは限りません
（新社中古共に売れ筋は１．０です）

そのあたりも含め営業さんに相談してみてはいかがでしょう？
その営業さんは目先の成績だけでなくお客さんと良いお付き合いをしたいと思っている営業さんだと思いますので親身になって相談にのってくれると思いますよ。