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＃補足を読み編集。

RAIDを原因から外してもよいと考えます。

tonehasiさん の提案も選択肢としては有りだとも思いますが、
原因が機器構成やNeroにある場合には「リカバリやマザボ修理」が無駄になります。

しかし、リカバリやマザボ修理で治った場合は、私の提案するテストが無駄になります。ｗｗｗ

どちらも甲乙つけがたいので、御自分で決めるしかありません。

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＊文字数の都合で削除＊

不具合が発生する、全てが接続状態のままでデバイスマネージャを開いてください。

その中で、「！」や「×」などのマークが表示されているものがないかを確認してください。

もしも、何かのマークが一つでもある場合には、マークがあるもの全ての「名称＋マークの種類」について、結果を補足してください。
デバイスドライバの再インストールのみで、解消可能な場合があります。

どこにもマークがない場合は、残念ですが以下のテストをオススメします。

先にまとめて説明しますが、各種のテスト状態（○番号やアルファベットで分けた）ごとに、（特に不具合が出ている場合には、）上記のデバイスドライバの状態も逐一確認するようにして下さい。

それもメモして、後からの補足を薦めます。
各状態の時のみに、デバイスドライバに一次的な問題が出る可能性があるためで、とても重要な情報の一つです。

また、文字数の都合で、以下に☆がある部分は、次の手順でのテストだと思って読んでください。
☆＝必ずPCを再起動し、一時間程度（可能なら長い方が良い）PCを通常通り使った後、不具合の現象が出るかどうかの確認をする。

②WindowsUpdate

WindowsUpdateを実施して、IEのバージョンアップは無視して、それ以外の更新をして下さい。
更新は繰り返し行い、適用するものがなくなるまで行ってください。

サービスパックの問題や、その他更新を行って不具合が解消出来るケースがあります。
最新の状態になったら、☆

これでダメなら、次のステップに移ります。


③貴方が怪しいと感じている部分の調査と切り分け。

A：まずは、現在の状態からDVD-Dを外しただけの状態で、☆
これは、機器同士の相性の確認です。

B：次に、DVD-Dを接続した状態に戻し、「Neroを削除して、☆
Neroと外付けHDDとの関連性の確認です。

C：このテストの後、Neroが削除された状態のままで、DVD-Dも外し、☆
ソフトを抜きにした状態を加えての、機器同士の相性に関するテストです。

※ここまででは、外付けHDDは２台とも接続状態のままでテストをしています。
※この時点で、Neroは削除され、外付けDVD-DもPCには接続されていないはずです。
※唯一以前と違う点は、一度Neroがインストールされて「いた」ということです。
※これは、一度インストールされたことで、PC内部に多少なりとも変化が生じていることが予測され、それも要因になりえるという点です。（※２）

D：次に、どちらかの外付けHDDを「一つだけ」外して、☆
E：次に、↑で外した外付けHDDを接続し、代わりにもう一方の外付けHDDをはずして、☆

これらは、外付けHDD単体が原因で発生している要因を探るテストでもありますし、（※２）で変化したPCとの相性確認を行うためでもあります。

F：最後に、外付けHDDを全て外して下さい。（※３）
この時点では、DVD-D,外付けHDD２台の全ては、PCに接続されていないことになります。

そこで、USBフラッシュメモリなどを使い、別のUSB接続機器での不具合発生の確認を行います。
この場合でも、出来れば一定時間の経過が好ましいです。
というのも、PCの動作環境に関する内部の異常が原因であることも考えられるからです。

以上の手順で、RAIDの設定が無いPCにおいての、ソフトや機器同士の相性による原因切り分け手順は終了です。

出来れば、ここまでの取り外しテストは、状態に変化があっても最後まで行うのが好ましいです。
というのも、あくまで範囲を絞っているだけなので、次の手順や組み合わせ（特に※３）次第では、再び現象が出ることも十分にありえますから。

補足での記入例
症状が改善された場合には○、そうでなければ×で
そのテストで、デバイスに変化があれば、その項目名とマークの種類

①×
②×
A：×
B：○
C：○ USBコントローラ中のXXX
・
・
・

などです。 これなら、少ない文字数で結果を記入可能です。
また、作業中に気づいた点なども、可能な限りで記入すると参考になるかも知れません。

長文回答で恐縮ですが、これすらも確認方法の極一部の紹介です。
私の経験から考える手順なので、他にもっと良い方法が紹介されることもあるので、他の回答者さんを待つのも良いかと考えます。