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設定の画素数を下げても
センサーの画素数(物理的な画素の個数)が変わるわけではなく
保存される画像の粒子の個数が少なくなるだけですから
基本的に画質が良くなると言うことはありません。
(センサーを作り直さなければセンサーの画素数は下げられない。)

特殊なケースを除いて一般的に
2020万画素のカメラの画素数を1000万画素に下げる設定というのは
一旦 2020万画素 の画像をカメラに撮らせておいて
その2020万画素の画像をカメラ内部で1000万画素に縮小処理させた上で
JPEGなどのデータに保存させるという設定です。

ですから画質が悪くなることはあっても
良くなることは基本的にありません。

ただ，
縮小される分，ノイズなどが目立たなくなって，
綺麗に見えるようになることはあります。
でもそれは
粗が目立たなくなっただけのことで
解像度が高くなったわけではありません。

なお，
通常の大きさ(L判？)プリントくらいのプリントでの画質は
どちも変わらなく見えるでしょう(区別は付かないと思います)。