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本来ならば、単純な話なのでしょうが、色々設定したと言うのが気になります。
色々設定する必要も、設定する個所も、ありません。

基本は、全ての中心は、iCloudだと言う事を知って下さい。

iCloud が、iPhoneとMacに同期をさせます。
その為、iPhoneとMacのつなぐ順番で状況が、変わる事があります。

多分貴方のケースでは、先に iPhoneをつないだのでは?
先ず、iPhoneの同期で、連絡先を「iCloudで上書」を選択したのでしょう。
当然 iCloudにはまだ連絡先のデータが無いので、iPhoneから連絡先が消えます。
また、Safari のブックマークはiCloud側に同期したのでしょう。

Macの連絡先はまだ何も登録されていませんよね?
その状態で、Macを iCloud につなぎ、今度も iCloud を優先したのでしょう。

iPhone も、Macも、バックアップがあれば、データが戻せます。
iPhoneは基本的に iCloud にバックアップを行ない、保助的にMacの iTunes でもバックアップすると良いでしょう。
Macも、Time Machine でバックアップすベきですね。