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はっきり言ってEF50mmF2.5マクロは今時のカメラにはお勧め出来ませんよ。
なんせ20年近く前の古い設計なのでデジタル特有の問題を考慮してないレンズですし倍率も0.5倍までですから。
同じ50mmマクロならシグマの50mmF2.8マクロの方が段違いに良いです。
（倍率は1倍ですし写りもかなりシャープです）

50mmと100mmの焦点距離の差ですが写すものによって選んだ方が良いですよ。
拡大撮影でも被写体が小さく近づけるものなら50mmの方が扱いやすいですが被写体が少し大きかったり近づけないものなら100mmの方が適しています。
50mmを最大倍率で写そうとするとレンズと被写体との距離が短すぎて光を遮ってしまいシャッタースピードが遅くなりすぎてブレの原因になったりします。
100mmなら最大倍率でもレンズと被写体の距離が離れてるのでそういう事は起こり難いです。
お考えの100mmF2.8LマクロIS USMならマクロとしては珍しく手ブレ補正も付いてるので焦点距離の長さから来る扱い難さも少しは緩和されてるので慣れれば充分手持ちで使えると思いますよ。
（慣れるまでは失敗写真ばかりの可能性も高いです）

予算的に100mmF2.8LマクロIS USMが買えるなら50mmF2.5マクロなんていう化石のようなレンズを買うより遥かに有意義だと思いますよ。
焦点距離の長さが長すぎるなら60mmや70mmマクロなど純正、シグマ、タムロンで設計も新しく写りもよいものが色々出てるのでそういったものを選べば良いと思います。