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候補の中に「一眼レフ」はありませんね。
FinePix X100はコンパクトデジタルカメラに分類されます。オリンパスE-P3・ソニーNEX-5Nはミラーレス一眼に分類されます。

まず画素数は写真のきれいさとは直接関係ありませんので無視して下さい。
オリンパスペンはカメラ本体に、ソニーNEXは交換レンズに手ブレ防止機構が内蔵しています。

FinePix X100は価格が中級クラスのデジタル一眼レフカメラと同等ほどします。ズームもできません。「X100がいい」と理解した上で選ぶカメラなので「どれにしようかな」と選ぶカメラではないと思います。
E-P3もNEX-5Nもまだまだ高価です。機能と操作性で選べば、ニコン・キヤノン・ペンタックスなどの入門クラスのデジタル一眼レフの方がはるかに良いです。
E-P3やNEX-5Nのデザインや大きさが気に入ったのならそれでも良いと思いますが…。

オリンパスのメリットは交換レンズがパナソニックと共通なのでレンズ種類が（ミラーレスとしては）豊富であること、ストラップやケースなども豊富であること、レンズが比較的コンパクトであることが特徴です。またアートフィルターも種類豊富なのでいろいろ遊べると思います。
欠点は意外と大きさ重さがあることでしょうか。

ソニーのメリットはセンサーが大きいので背景ボケを出しやすいこと、本体が小型軽量であることです。
欠点は交換レンズの種類が少ないこと、本体は小さいのにレンズが大きすぎてバランスが悪いこと、ストロボが内蔵していないことです。

動画に関してはどちらもAVCHD方式で記録できるので、画質・記録方式に差はありません。AFは
付属ソフトではオリンパスですとAVCHD動画からBDに書き出す機能がありませんのでソニーに軍配が上がります。
AFはオリンパスの方が速いようです。連写はソニーが強いです。

質問者さんが何をどう撮りたいかで変わってきますが、あとはお好みで良いかと思います。


【補足】
FinePix X100の良い点

・レンズが明るく、（ズームできない）単焦点なので画質が良い
・APS-Cサイズの大型センサーで高画質
・光学式と電子式の切り替えが出来るファインダー
・昔のフィルムカメラのようなクラシックデザインとダイヤル式操作系