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>パソコンのドライブの残り容量が9,7GBに対してアイポッドのデータ量が16GBなのが原因ですか？

その通りだと思います。
バックアップしようにも、空き容量がなければ保存できません。
保存されていなければ、復元にしようもありません。

他の作業にも影響があるはずですから、HDDの空き容量はある程度
確保しておきましょう。
確保しておく領域に「このくらい」というのはありませんが、
私は全容量のうち、空きが1/3以下になると不安になります。
（動作が不安定になるということではありません）

ちょっとずれますが、
動画編集などでは、オリジナルサイズが５０GB〜１００GBくらいに
なることもありますので、編集->終了->DVDに保存を必ずしてます。
きっと、アプリも編集中に空き容量を使って何かしていると（勝手に）
思ってます。

外付HDDも安いので、あまり使わないデータを移動したり、
不要なデータを削除したり、またはHDDそのものを換装したり、
方法は様々ですから、予算やご自分のスキルにあわせて、
対処をしましょう。