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マイドキュメントはシステムフォルダなので Cドライブにある状態が一番好ましい状態ですし起動時間も早くなります。

ただし、Cドライブの空き容量が十分にない場合は Cドライブから Dドライブへ移動して Cドライブの空き容量を確保すると起動時間が早くなります。

しかし、USB接続の外付けHDD は内蔵HDD に比べると転送速度が極端に遅いのでシステム関連のフォルダなどを移動すると返って遅くなる可能性があります。

また、パソコンへ接続する機器が増えるほど起動する為の処理が増えますので起動時間は長くなりますからシステム関連のフォルダなどを外付けHDD へ移動すると起動時に外付けHDD を接続して電源を入れておく必要がありますので好ましくないと思います。

従って、内蔵HDD が Cドライブだけであればソフトのインストールやシステムフォルダなどは Cドライブが好ましいと思います。

また、起動時には外付けHDD は接続しない方が起動時間を短縮できますので起動時に外付けHDD を接続しなくても問題がないデータなどの保存に利用するのが好ましいと思います。

音楽データと言っても iTunes の Musicフォルダなどの様に起動時に必要となるであろうフォルダなどは内蔵HDD が好ましいと思います。