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必須ではないんですが、Time Machine+移行アシスタントが格段にラクチンです。

(1) Snow LeopardでTime Machine バックアップを取る（フルバックアップではなく、設定で個人ファイルだけを対象にすることも可能です）
(2) Mountain Lion を別パーティションにインストール
(3) Mountrain Lion上で移行アシスタントを実行

これ以外の方法を取ることもできますが、オーナー属性を変えたり、ひどく煩雑になることが予想できます。

途中で求められるApple IDはSnow LeopardのiTunesで使っているもの（Mountain Lion を購入したIDと同じですよね）
です。

インストール時のユーザーアカウントは、もしもTime Machineで戻す場合は別の名前にした方が良いです。
(test userか何か）
完了後、自分の本来のアカウントを管理者に設定して、test userアカウントは消してもかまいません。

ーーー補足ーーー
おっしゃるとおりMountain Lion を起動して使うとSnow Leopardのパーティションは更新されません。もしもSnow Leopardではなく、Lion (10.7.2)以降ならiCloudで同期を取ることもできるのですが、Snow Leopardではできません。
既読メールをサーバーに一ヶ月程残す設定にして時々Snow Leopardで起動してメールを取得すると、とりあえず同期
は取れます。iTunesもSnow LeopardだとiCloudが使えないので難しいです。