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特定の原因というより個別の（あなたのPC固有の）問題のような気がします。「HDDに問題がある場合」というのは、PCの部品の中でモーターで常時回転するものが限られるためです。（CDドライブやファンなどもモーターにより動作しますが、常時動作しているものではありませんからね。）一般的な電化製品で「ブーン」と唸るような音がしたりするのは、モーターの回転音や動作時に部品同士がわずかに接触・干渉している場合が多いです。このような観点から考えるとUSBを挿し込んだ時に周囲の機器が圧迫されることにより、HDD周囲の何らかのパーツにわずかに抵触している可能性が予想されます。また「キーン」という高周波音ということから、何らかの通信もしくは動作上の高周波の電波に、PC内部の薄い金属パーツやコンデンサなどが共鳴振動を起こしている可能性もありますね。この場合もやはりUSBを挿している時に内部の部品がちょうどそのような角度になってしまうことなどが考えられますが・・・正直解決策としては開けてみないと（分解して検証してみないと）何とも言えませんねえ。HDDの回転に何かが内部で接触している感じでなければさほど問題はなさそうですが・・・