質問者が納得DXD-N50と限らずCDプレーヤーは、CD-R・CD-RWの再生は保障されていないので、必ずとは言えませんが、この機種の場合、通常のミュージックCD形式でしか再生できないので、WAVEでもそのまま記録するだけではだめで、CD-DAという記録の仕方をしないと再生しないはずです。
iTunes等のメディアプレーヤーの中にCD-DAを作る機能が在るので、MP3ならそのまま、WMAもWindows Media Playerを使えばそのまま、CD-DAが作れますよ。
又プレーヤーとメディアの相性もけっこう有るの...