質問者が納得携帯電話自身ではなく、microSD側に原因があると思われます。
(1) microSD自身の速度が遅いと読み書きが遅くなります。
ランクが大きい程高速です。
(2) 書き込みや消去を頻繁に行うと、microSD上にファイルが断片化します。
フラグメンテーションが複雑になり、アクセス速度が格段に低下します。
パソコンでデフラグを行うことで、ファイルを連続化することで、アクセス速度が向上します。
おそらく、(2)が原因でしょう。
[補足]
FAT自身の構造も知らず、無知丸出しな回答がありますのでご注意...
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