iPhone 4S 曲ごとの解決方法

質問者が納得HandBrakeを使ったことがありませんから、状況がよく分かりませんが。他の変換ソフトを試用してはいかがでしょうか。DVDをiPhone用（４S)に変換するなら、4Videosoft DVD リッピングというソフトをお勧めです。もし、そのような状況がでませんなら、変換ソフトの問題だと推断できますね。無料ダウンロードして試用できます。参考にしてみて下さい。