質問者が納得どのUSBポートに繋いでも同じなんでしょうか?
http://pc.watch.impress.co.jp/docs/column/nishikawa/20120322_520200.html
なんかこの記事を読むと、シャットダウン時に給電されるUSBポートは特定の1つだけのように読めるんだけど・・・。
それから、外付けUSB HDDの場合、パソコンの電源に連動してHDDの電源も切るかどうかスイッチがついていることが多いと思うのですが、そのHDDには付いていないですか?
そのいずれにも当てはまらないな...
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