質問者が納得一番加工しやすいのはavi形式だと思います！
aviと一言に言ってもコーデックがH264,Divx Xvidなどなど色々あり、使うソフトやソフトの設定で
変換後の色合い、動画の軽さ、音声などなど結構違って来ます！
ソフトは好みがあるので自分に合った物が良いのではと思います！
ここ参考に！http://www.gigafree.net/media/conv/
最近のソフトは使い方も簡単になってます！
極めたいならVirtualDubModがお勧め！使い方などわからなければまた質問されるか補足宜しく...
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