N903i micro SDカードの解決方法

質問者が納得そのソフトが何を持って初期化と表現しているかによります。メーカーに相談してみたらどうでしょうか。単にフォルダを新しく作ることを初期化といっているかもしれません。フォーマットのことではないかもしれません。(日本語では=初期化ですが、メディアの初期化を意味しないかも）あとは、別なメディアを使う、事前にデータを退避させるという方法があります。また、メディアのイメージファイルを取り出して加工してから書き戻すというのもスキルがあれば可能です。