iPod (dock connector) 手動管理の解決方法

質問者が納得同期をするという事は基本的にパソコンにある状態と同じにするということなので、パソコンに音楽や動画が入っていない状態では次に同期した時に消えてしまいますね。今後は同期させないで運用するか、動画や音楽を標準のiPodアプリではなく他のアプリに入れてしまうかくらいしか方法は無いように思います。