質問者が納得リッピングには同じHandbreak(0.9.8)を使用しており、ラインナップ・デバイス“iPhone4”と、それを拡張し解像度を1136x640にしてiPhone5に合わせたモードを作成してエンコードしていますが何ら不具合は生じていません。
ビデオ・コーデックはH.264、音声は普通に2ch。デフォルトレートは160k。
Full HD(1920x1080)でもiTunesには問題なく収容されます。
最後の一文から察するに、変に弄って上手く行かないのではないかと思います。
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