質問者が納得MC008J/Aは第３世代32GBのiPodtouchですね。
MC544J/Aは第４世代32GBのiPodtouchです。
第３世代と第４世代では性能面では第４世代の方が優れています。
第４世代では、カメラの搭載、グラフィック性能の強化（A4チップ搭載）、画面の高画質化など色々な面で改良がされています。ほぼ全ての面で優れているといってよいでしょう。
詳しい違いはこちらをご覧ください。
参考
http://ja.wikipedia.org/wiki/IPod_touch
また、仮に第５世代が出た場合は、...
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