質問者が納得以前は初期化をすると購入時のバージョンに戻すこともできましたが
最近iTunesでは、ソフトウェアのアップデートすると
以前のバージョンファイルが削除されてしまうようです。
ですから、購入時のOS 2.1に戻すことはできないと思います。
復元すると、OS 3.1.3のままではないでしょうか
データや設定を初期化するのでしたら
復元後、新しいiPod touchとしてセットアップして、後は同期しないように。
ご心配でしたら、↓ のファイルをどこかにコピーしておいてください。
iPod2,1_3.1.3_...
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