質問者が納得たぶん、音声のコーデックの不備でしょう。
「AC3フィルター」を導入すれば、AviUtlでうまく変換できると思います。
http://www.xucker.jpn.org/pc/ac3filter_install.html
http://ac3filter.net/project/1/releases
こちらのソフトなら、DVD2AVIで音声を分離する手間が省けそうですが…
http://tvcap.fc2web.com/vdub/vdub-mpeg2.html
あまりおすすめしませんが、うまく読み込んで...
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