iPhone 5 CPU利用率の解決方法

質問者が納得HandBrakeではなくDVD ShrinkやCD側に問題が有るのではないでしょうか？ DVD ShrinkでコピーされたISOは正常に再生されますか？ まずはコピーしたISOを再生して問題なければHandBrakeを検証する必要がありますが、DVD Shrinkのコピーガードを解除する機能は弱いのでCDに付いているコピーガードに対応していない可能性もあるかも。