質問者が納得手順4について言えば、加工した曲をライブラリから削除すれば着信音バージョンをドロップで追加出来るようになります。更に同じ曲が沢山ってのは当たり前ですね。ファイル名を加工しても曲名は変わりませんから。
設定について重要な事項が書いてありませんが、ライブラリに追加した後でデスクトップのファイルを削除すると同期出来なくなったりしていませんか。まずはこちらのノートを読んで設定や手順を見直しましょう。
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n1888
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