質問者が納得エンジンの形式は同一ですがISはガソリン噴射形式が直噴+ポート噴射の2つを最適制御(Dー4S)していますがマークXは直噴のみのストイキD4です。各部も微妙に異なっていて大雑把に言えばマークXの方がより燃費型のチューニングをされているようです。
同様に2GRについてもレクサス、クラウンアスリートとエスティマ等は同形式でも内容は違います。
値段な装備品の違いもありますがブランド代が大きいかと思います。
個人的には逆にマークXの2.5がバーゲンプライスだと思います。
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