質問者が納得まず最初にホイールのハブ穴径（センターの穴）は同じですか？
これが異なると互換性はありません。
本題ですが、厳密に言うとナットとボルトの噛み合わせ量が減るので好ましくありません。
長いボルトに交換すれば問題は解決されますが手間もお金も掛かるので、オークション等で適合するホイールを入手するのがベストです。
ですが、実際には５ミリ程度なら問題ないです。
薄いに越した事はないので３ミリで済むなら３ミリの方が良いですね。
暫くはナットの緩み点検をマメに行って様子を見て下さい。
とは言え一応イレギュラーな行為で...
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