質問者が納得ＡＴチェックランプが点灯したとの事なので、ＡＴ制御の電気系のトラブルです。
センサーやソレノイド、電磁クラッチ等の断線や短絡が濃厚でしょう。
制御コンピュータが壊れた場合、ランプすら点かないでしょうから・・・
油圧回路の切換え用ソレノイドの異常なら、ＡＴミッションの外側から交換できますので数万円です。
制御用マイコン自体の不良なら１０万弱、ミッション自体なら３０万以上・・・
素直に正規ディーラーでの診断（点検）を受けないと正確な事は分かりませんので、診断を受けて下さい。
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