質問者が納得shimi8321さんが、高速での性能を気にされるなら1300ccにした方が良いですね。
それに、燃費もカタログ燃費は待ち乗りを基準にして作られた走行パターンなので1000ccの良くなりますけど、高速になれば1000ccでは車体重量に対する出力の容量が不足するので、1300ccよりも悪くなります。
ただ、現在使われている車と比べれば、1000ccでも十分に走りますので、維持費の軽減を狙って1000ccに妥協しても問題は無いと思います。(自動車税が年間5千円安いですからね。)
あと、私の個人的な意見で言わせ...
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