質問者が納得アンテナそのものは高さに含まれません。
車体に固定されている部分（アンテナ台座）がその車両で最も高い位置になっていれば、そのアンテナ台座は全高に含まれます。
で、ご質問のNBOXですが、三面図を見ると、車両中央が最も高くなっていますので、アンテナ台座は全高に含まれてません。
ただ、NBOXカスタムはアンテナ台座が最も高い位置なので、その部分が全高になっています。
NBOX 三面図
http://www.honda.co.jp/Nbox/webcatalog/spec/pdf/PDF_Nbox_dimen...
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