N BOX 接続の解決方法

質問者が納得実車を見てないので何とも言えませんが、考えられることとしては、どこかの接触が緩んでいてテストの時はたまたま導通していたのが、ハーネスを束ねてロアカバーを戻した時に離れて作動不良になった、くらいでしょうか。 一度は正常に作動したわけですから、一ヶ所ずつ丹念に接触不良がないか調べて行くしかないと思います。