質問者が納得時々起きるのであればハーネスが断線しかかっている事はないでしょうか。
エアコンコントローラーはオーディオと並列で取り付けられているのでオーディオ付け替えなどでハーネスは少なからず動かされているとおもいます。
偶然でも無理な力が加わりコードの中で断線しかかっているならば走行の振動でついたり切れたりすることがあります。
電源部分とアース部分だけでも別の部分からバイパスさせて試してみては如何でしょうか。電源が原因ならばこれで切れなくはなるとおもいます。
原因が特定出来ればハーネスを差し替えて修繕出来るとおもいます...
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