質問者が納得エンジンは1JZ-FSEですよね？
初期の直噴D4エンジンは煤がたまりやすく、
最悪の場合、エンストするみたいです。
その前兆ではないでしょうか。
トヨタのページで確認してみてください。
http://toyota.jp/recall/kaisyu/071101.html
以前、110系マークⅡグランデGに乗っていました
（2.5リッター、1JZ-FSEエンジン搭載車）。
質問者様と同様の症状もありました。
あと、高速の合流で5000回転位まで回すと
マフラーから黒煙がでたこともありました。
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