質問者が納得動かない窓のスイッチを操作してください、運転席のマスタ-スイッチではなく
まず半分程度窓を開けます、その後窓を全閉にしたままスイッチを保持してください（１秒程度）これで再セット完了です
バッテリ上がりやパワ-ウインド-の配線を抜いたらこの手順で再セットしてください
補足追記
質問をよく確認してませんでした、
パワ-ウインド-モ-タ-の配線抜けてます、もう１度ばらして確認ください、コネクタ抜けがなければ断線を疑ってください、ドア内、もしくはゴムの蛇腹内、あるいはカウル側のジャンクション付近等ムリしてません...
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